微生物學實驗室是生物學領域的一個基本實驗室，對于一個完備的微生物學實驗室，需要配置儀器如下：
01、超凈工作臺
微生物的培養都是在特定培養基中進行無菌培養，那么無菌培養必然需要超凈工作臺提供一個無菌的工作環境。
02、培養箱
培養箱有多種類型，它的作用在于為微生物的生長提供一個適宜的環境。生化培養箱只能控制溫度，可作為一般的平板培養;霉菌培養箱可以控制溫度和濕度，可作為霉菌的培養;CO2培養箱適用于厭氧微生物的培養。
03、天平
用于準確稱量各類試劑。實驗室常用的是電子天平，電子天平按照精度不同有不同的級別。
04、微生物均質器
用于從固體樣品中提取。用微生物均質器制備微生物檢測樣本具有樣品無污染、無損傷、不升溫、不需要殺菌處理，不需洗刷器皿等特點，是微生物實驗中使用較為方便的儀器。
05、菌落計數器
菌落計數儀可協助操作者計數菌落數量。通過放大，拍照，計數等方式準確的獲取菌落的數量。有些高性能的菌落計數器還可連接電腦完成自動計數的操作。
06、電爐
用于溶液的快速加熱，微生物固體培養基的加熱溶化。
07、高壓殺菌鍋
微生物學所用到的大部分實驗物品、試劑、培養基都應嚴格消毒殺菌。殺菌鍋也有不同大小型號，有些是手動的，有些是全自動的。用戶需要根據自己的需要選購。
08、移液器
液體量器用于精密量取各類液體。常見的液體量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度試管、燒杯。
09、低溫冰箱
冰箱是實驗室保存試劑和樣品必不可少的儀器。微生物學實驗中用到的試劑有些要求是4度保存，有些要求是負20度保存，實驗人員一定要看清試劑的保存條件，放置在恰當的溫度下保存。
10、生物安全柜
微生物實驗中涉及的試劑和樣品微生物有些是有毒的，對于操作人員來說傷害較大。為了防止有害懸浮微粒、氣溶膠的擴散，可以利用生物安全柜對操作人員、樣品及樣品間交叉感染和環境提供安全保護。